ശ്രീ ചാല ഭഗവതി ക്ഷേത്രത്തിലെ ചിരപുരാതനവും, സുപ്രധാനവുമായ മറ്റൊരു ദേവസ്ഥാനമാണ്‌ ചാലയില്‍ കൊട്ടാരം. ശ്രീ തമ്പുരാന്‍ പേരുംതൃക്കൊവിലപ്പന്‍, രാജരാജേശ്വരന്‍ എന്ന ശിവസങ്കല്‍പ്പ സാന്നിധ്യമാണിവിടെ. പ്രശ്നവിധികളില്‍ രാജരാജേശ്വരന്‍റെ പൂര്‍ണ്ണ ചൈതന്യം ഇവിടെ കാണാറുണ്ടു. നെയ്യമൃതും, നെയ്‌വിളക്കുമാണ് ഈ സന്നിധിയിലെ പ്രധാന വഴിപാട്.
ചേരമാന്‍ പെരുമാക്കള്‍മാരുടെ ഭരണശേഷം നാടുവാഴികള്‍ ഈ കൊട്ടാരത്തില്‍ നിന്നാണ് നാട്ടുഭരണം നടത്തിവരുന്നത്. അന്ന് ഈ ശിവചൈതന്യത്തിന്‍റെ സാന്നിധ്യത്തിലാണ് വിചാരണകള്‍ നടന്നിരുന്നത് എന്നു പറയപ്പെടുന്നു. കാലാന്തരത്തില്‍ നശിച്ചു പോയ കൊട്ടാരം അടുത്തകാലത്ത് പുനര്‍നിര്‍മ്മാണം കഴിഞ്ഞ് ശിവാരാധന നടത്തിവരുന്നു.